В какой момент происходит списание товара и его остаток меняется?

В системе DIAFAN.CMS можно назначить действия в зависимости от статуса заказа. Сделать это можно в административной панели сайта в Модуле Интернет-магазин - Справочники - Статусы заказа.

Рекомендуем ознакомиться со следующей документацией:

https://www.diafan.ru/dokument/full-manual/modules/shop/admin/#Statusy-zakaza